Nas décadas de 60 e 70 do século XVI, as aldeias dos índios passavam por modificações devido as influências dos padres. Antes das chegadas dos mesmos as aldeias eram bem distantes umas das outras e depois passaram a unir-se formando uma povoação para que pudesse desenvolver o local com as construções de residências, escola, capelas, entre outras.
O principal objetivo dos missionários era levar a palavra de Deus aos índios afastando a influência do demônio nas almas indígenas. O demônio aparece como principal inimigo na implantação do Cristianismo na Terra. Eles resgatavam as almas, propagavam a fé e ensinavam as verdades cristãs.
A Companhia de Jesus foi fundada por um grupo de sete amigos que se conheceram no Colégio de Navarra. Primeiro foi um, depois outro até formar os sete amigos. Eles tinham o objetivo de reformar suas vidas e viver a pobreza evangélica. O que se destacou foi Inácio de Loyola, pois origionou os exercícios, que era um método de oração e meditação dos mistérios da fé realizado por vários dias e até semanas, ao qual o retirante se reserva e escolhe seu estado de vida. Em agosto de 1534 iniciam as perigrinações. Em 23 de novembro de 1538 encontram-se com o Papa Paulo III e se oferecem a trabalhar na Reforma da Igreja, mas somente em 27 de setembro de 1540 é que o Papa funda a Companhia de Jesus.
Quando Loyola morre, em 1556, a Companhia de Jesus já tinha 1000 integrantes e administrava diversas fundações, principalmente colégios. Entre os anos de 1550 e 1650 os jesuitas constituiam o elemento mais dinâmico da Igreja Romana sendo denominados de "o exército do papa" e a "cavalaria ligeira da igreja".
Inácio de Loyola
Diante da Reforma Protestante o Concílio de Trento veio para dar força a Igreja Católica que precisava de um ânimo. Naquele momento era importante frisar que a fé não se manifestava apenas na Sagrada Escritura, mas também nos ensinamentos que a Igreja propagava através da Bíblia.
Para consolidar as novas diretrizes instituidas no Concílio de Trento foi necessário utilizar meios mais consistentes e um deles foi a criação das missões, ao qual os missionários iam para a América com o objetivo de cristianizar os nativos e cuidar alma do colono batizado. Para as autoridades cristãs, especialmente Dom João III, a catequese era objetivo principal do Governo Geral do Brasil. Contudo, todo esse processo não se limitava aos interesses religiosos, mas também a um interesse político do Governo no sentido de colonização da região.
A Companhia de Jesus se expandia cada vez mais devido ao prestígio que conquistava por onde passava e seu principal objetivo era catequisar os índios e pacificar o cnvívio deles com os brancos.